Ülkemizde organik tarım faaliyetleri, 5262 Sayılı Organik Tarım Kanunu ve 27676 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Organik Tarımın Esasları ve Uygulanmasına İlişkin Yönetmelik kapsamında Tarım ve Orman Bakanlığınca organik tarımda yetki verilen Kontrol ve Sertifikasyon kuruluşlarıyla yapılan sözleşmeye dayalı olarak yürütülmektedir.
Organik tarım, üretiminin her aşamasının kontrol edildiği ve nihai ürünün sertifikalandırıldığı bir üretim şekli olduğundan kontrol ve sertifikasyon kuruluşlarının denetiminde ve sözleşme dahilinde uygulanmaktadır.
Organik tarıma başlama kuralları aşağıda belirtilmiştir.
a) Organik tarım faaliyetinde bulunmak isteyen ve faaliyet alanına göre Bakanlık ilgili kayıt sistemine kayıtlı olan müteşebbis aşağıda yer alan bilgi ve belgeler ile, kontrol ve sertifikasyon kuruluşuna başvurur.
1) Müteşebbisin adı, adresi, T.C. kimlik numarası ve varsa vergi numarası, yabancı gerçek kişilerde ise yabancı kimlik numarasını içeren kimlik bilgi ve belgeleri,
2) İşletmenin yeri ve konumuna dair bilgiler,
3)Gıda işletmeleri için 17/12/2011 tarihli ve 28145 sayılı Resmî Gazete' de yayımlanan Gıda İşletmelerinin Kayıt ve Onay İşlemlerine Dair Yönetmelik hükümleri gereğince İşletme Kayıt Belgesi veya İşletme Onay Belgesi,
4)Yem işletmeleri için Yem işletmeleri için 27/12/2011 tarihli ve 28155 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan Yem Hijyeni Yönetmeliği gereğince İşletme Kayıt Belgesi veya İşletme Onay Belgesi,
5) Su ürünleri yetiştiriciliği için Su Ürünleri Yetiştiricilik Belgesi ve/veya Su Ürünleri Kuluçkahane Belgesi.
b) Organik tarım faaliyetinde bulunmak isteyen müteşebbis, başvurduğu yetkilendirilmiş kuruluş ile sözleşme yapar. Müteşebbis, organik tarım faaliyetini bireysel olarak yapabildiği gibi, üretici grubu ile de yapabilir. Üretici grubu, organik tarım faaliyetini tüzel kişilik altında yapabilir. Müteşebbis, organik tarım faaliyetini üretici grubu ile yapıyorsa her bir üretici ile sözleşme imzalamak zorundadır. Bu durumda müteşebbis, üretici grubu adına yetkilendirilmiş kuruluş ile sözleşme yapar. Üretici grubu içinde yer alan çiftçiler, müteşebbis olarak değerlendirilir ve bir kod verilerek kayıt altına alınır. Müteşebbis; aracı tüccar, depolama, işleme ve benzeri fason hizmetleri yaptırdığı gerçek veya tüzel kişiler ile de sözleşme yapar. Fason üretim yapan işletmeler de organik tarım kontrol sistemine dahildir.
c) Yetkilendirilmiş kuruluş ile sözleşme imzalamış olan orman ve doğal alanlardan ürün toplayacak müteşebbis, ürün toplamadan önce, bu alanların mülkiyetinin veya kullanma hakkının ait olduğu makamdan yazılı izin alır.
ç) Su ürünleri üretimi yapacak müteşebbis Bakanlıktan yetiştiricilik için izin alır. Bakanlıktan yetiştiricilik izni alan müteşebbisler organik su ürünleri üretimi yapabilir. Organik su ürünleri üretimi yapacak müteşebbis, kamuya ait alanda üretim yapacaksa, ilgili kurumdan alınacak yazılı izin ile yetkilendirilmiş kuruluşa başvurarak sözleşme imzalar.
d) Yetkilendirilmiş kuruluş, her bir üretim aşaması için, ayrı ayrı sözleşme yapabileceği gibi, her faaliyeti ayrı ayrı belirtmek kaydıyla tek bir sözleşme de yapabilir. Yetkilendirilmiş kuruluş, müteşebbise ister bağımsız, ister üretici grubu dahilinde olsun, Bakanlıkça hazırlanacak ve yetkilendirilmiş kuruluşlara bildirilecek kodlama sistemine göre, bir kod numarası verir.